学院坚持以学科建设为中心，不断夯实学科建设基础。2003年学院获得马克思主义基本原理与思想政治教育硕士学位授予权，2006年获得马克思主义中国化研究硕士授予权，是较早拥有马克思主义理论二级学科硕士学位授予权的省属院校之一。2016年获得马克思主义理论一级学科硕士学位授权点，推动了马克思主义学科建设迈上新台阶。2017年在上海软科学发布的“2017年中国最好学科排名”中，我院马克思主义理论学科是全省上榜的四个马克思主义理论学科之一。2018年被评为吉林省高水平“优势特色”学科B类。2020年顺利通过国务院学位委员会、教育部的学位授权点专项评估。2024年学院马克思主义理论学科在吉林省高水平“优势特色”学科B类验收中获得“优秀”。

在学科建设上，学院以吉林省特色高水平学科建设为目标，实现了学科发展“上水平，创特色”。学院现有马克思主义基本原理、马克思主义中国化研究、马克思主义发展史、思想政治教育四个二级学科，研究方向特色鲜明，研究成果丰硕。马克思主义基本原理专业形成了马克思主义基础理论研究、马克思主义经典著作研究、马克思主义与当代社会发展问题等研究方向；马克思主义发展史专业形成了马克思主义思想史研究、马克思主义传播史研究、马克思主义发展史专题等研究方向；马克思主义中国化研究专业形成了马克思主义中国化的历史进程与基本经验研究、当代中国社会发展研究、习近平新时代中国特色社会主义思想研究、党内法规理论等研究方向；思想政治教育专业形成了当代文化与青年价值观研究、学校思想政治教育理论与实践研究、思想道德教育与法治教育等研究方向。学院现有吉林省研究生课程思政研究中心、长春工业大学习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心、长春工业大学新时代思想政治教育研究中心等科研基地，拥有马克思主义基本原理、马克思主义中国化研究、思想政治教育研究三个长春工业大学第一批学术创新团队。